После оплодотворения яйцеклетки сейчас же начинается развитие зачаточного зародыша, или предзародыша (проэмбрио). Предзародыш хвойных отличается от предзародыша саговниковых расположением свободных ядер в нижней части зиготы, а не постенно, как у более примитивных голосеменных. У хвойных предзародыш состоит из группы клеток с очень определенным расположением и, как показывает дальнейшее развитие, с очень определенными функциями. Предзародышевая стадия продолжается до момента удлинения подвесочных клеток, после чего начинается развитие собственно зародыша. Одной из отличительных особенностей всех хвойных является их замечательно развитая подвесочная (суспензорная) система. Она значительно более развита, чем у всех низших голосеменных и папоротников. Подвески не только проталкивают зародышевые клетки в глубь ткани гаметофита и служат гаусториальным органом для этих последних, но являются, вероятно, секреторными органами, разрушающими посредством ферментов клетки гаметофита.
Изучение развития зародыша имеет большое значение для систематики и филогении хвойных и помогает выяснению взаимоотношений между родами и даже между семействами.
Семена хвойных очень сильно варьируют по величине и форме. Кожура семени деревянистая, кожистая или перепончатая. Семена некоторых родов снабжены одним большим крыловидным придатком или 2-3 небольшими крыльями. Длинное конечное крыло на семенах сосны образуется посредством отделения слоя от поверхности семенной чешуи. Сочный ярко окрашенный покров на семенах ряда хвойных способствует их распространению посредством животных.
Зрелый зародыш состоит из подвеска, первичного корешка, стебелька и семядолей. Подвесок у хвойных различной длины и формы; у кедрового ореха он сильно закручен и достигает длины 1 см. Семядоли хвойных длинные и узкие и обнаруживают большую изменчивость в числе даже в пределах одного и того же рода и часто даже у одного и того же вида. Самое большое число семядоль и наибольшая изменчивость наблюдается у сосновых (от 3 до 18).