На каждом микроспорофилле образуются 2 (у основных) или от 2 до 7 и больше (у остальных хвойных) микроспорангиев; у некоторых видов араукарии и агатиса число микроспорангиев на микроспорофилле достигает 13 или даже 15.
Стенка зрелого микроспорангия состоит из одного или нескольких слоев клеток. Самый внешний слой стенки часто состоит из клеток с сетчатыми, спиральными или кольчатыми утолщениями, очень напоминающими аналогичные утолщения водопроводящих элементов. Подобное строение этих клеток является приспособлением для раскрывания зрелого микроспорангия посредством продольной щели.
В микроспорангии образуется спорогенная ткань, окруженная со всех сторон тапетумом. Клетки тапетума доставляют питательный материал для развивающихся материнских клеток микроспор и для самих микроспор. Тапетум имеет у разных групп хвойных разное происхождение. В одних случаях (например, у кипарисовика) он происходит из самого внутреннего слоя стенки микроспорангиев, в то время как в других случаях (например, у тисса) он является производным от спорогенной ткани. Но каково бы ни было происхождение тапетума, при образовании микроспор он расходуется на формирование микроспор.
Каждая функционирующая материнская клетка микроспор (микроспороцит) дает начало четырем гаплоидным микроспорам, которые в течение некоторого времени оказываются заключенными внутри оболочки микроспороцита.
Число микроспор обычно очень велико, иногда исключительно большое. Они чрезвычайно легкие, что помогает их распространению ветром.