Корень

Первичный корень сохраняется у многих хвойных на всю жизнь и развивается в виде мощного стержневого корня, от которого отходят боковые. Реже, как у некоторых сосен, первичный корень недоразвивается и заменяется боковыми. Кроме длинных корней, главных или боковых, у хвойных имеются короткие, мелкие и часто сильно ветвистые корни.

Они являются главными абсорбирующими органами растения. Обильно ветвистые короткие корни часто содержат микоризу. У подокарповых имеются корневые клубеньки с бактериями, напоминающие клубеньки бобовых, причем такие корни, за исключением некоторых родов, снабжены корневыми волосками. Корневые волоски у хвойных приурочены к столь узкой зоне верхушки и так легко отпадают при промывании корня, что очень часто их не замечают. Протоксилемные группы закладываются в корнях всегда экзархно. В корнях развиваются многослойный перицикл и ясно выраженная однослойная эндодерма.