Посмотрим сначала, как устроены подземные органы - ризомоиды. В очень тонких ризомоидах псилота (большей частью диаметром меньше 1 мм) проводящая система отсутствует и на поперечном срезе видны только паренхимные клетки с эндофитным грибом. В несколько более толстых ризомоидах имеется тонкая, иногда даже прерывающаяся, проводящая система, приближающаяся по своему строению к гаплостеле, а в еще более толстых и зрелых ризомоидах в результате образования паренхимных клеток между трахеидами ксилемная масса оказывается различным образом рассеченной. Ризомоиды тмезиптериса протостелические. При переходе стелы псилота из ризомоида в воздушные стебли уже близ их основания возникает лопастный цилиндр экзархной ксилемы, заключающий внутри центральную массу склеренхимы и окруженный флоэмной тканью, в то время как у тмезиптериса возникает более или менее ясно выраженная сифоностела, состоящая из центральной сердцевины, окруженной рассеченным цилиндром мезархной ксилемы, которая, в свою очередь, окружена флоэмой.
Таким образом, в отличие от псилота, ксилема у тмезиптериса мезархная, что говорит о большой эволюционной подвинутости его проводящей системы. Протоксилема псилотовых состоит из узких спиральных или кольчатых трахеид, метаксилема - из более широких лестничных, а у рода псилот также точечных трахеид.
Внешняя часть коры надземных стеблей представляет собой фотосинтезирующую ткань у состоящую из тонкостенных паренхимных клеток.
Наружные стенки эпидермальных клеток утолщены и покрыты кутикулой. У псилота устьица имеются только на стебле, где они расположены главным образом в продольных бороздках. Устьица лишены побочных клеток, имеют примитивное строение и напоминают устьица ринии.