Не меньший интерес, чем спорофит, представляет половое поколение псилотовых, характеризующееся рядом исключительно примитивных особенностей. Гаметофит обоих родов бурый, лишен хлорофилла и питается сапрофитным путем при посредстве симбиотических грибков, проникающих через ризоиды почти во все клетки. Нередко он ведет подземный образ жизни. Гаметофиты радиально-симметричные, обычно неправильно однажды или дважды дихотомически разветвленные и очень похожи на кусок ризомоида. Они достигают длины 18 мм и диаметра 2 мм. Живут обычно на стволах древовидных папоротников или в трещинах скал. Вся поверхность гаметофита покрыта одноклеточными ризоидами. Внутренняя дифференциация гаметофита очень слабая, однако в гаметофитах культивируемой в оранжереях тетраплоидной формы псилота голого встречается иногда слабо развитая стела, состоящая из кольчатых и лестничных или лестнично-сетчатых трахеид, окруженных флоэмой и эндодермой.
Антеридии и архегонии рассеяны по всей поверхности гаметофита. Антеридии имеют шаровидную форму и содержат спиральные и многожгутиковые сперматозоиды. Архегонии погруженные, с короткой выступающей шейкой (из четырех, в некоторых случаях из 5-6, этажей клеток), которая при созревании отпадает. У псилота установлено наличие брюшных канальцевых клеток. Сбрасывание верхней части шейки вместе с дезинтеграцией канальцевой клетки (или клеток) открывает путь для вхождения сперматозоидов в брюшко архегония.
На эмбриональных стадиях развития псилотовых не образуется ни корня, ни первичного листа, ни подвеска.
У псилота гаплоидное число хромосом (n) от 52 до 54, но иногда 104 или 208, а у тмезиптериса n = 104 или 208.
По всей вероятности, псилотовые произошли непосредственно от риниофитов. Но они все же ушли сравнительно далеко от риниофитов по пути специализации.