В природе широко распространены гетеротрофные микроорганизмы, которые воздействуют на минералы и горные породы.
Распространение различных сапрофитных групп бактерий изучал Н. А. Красильников, который установил, что поверхность базальтов и туфов в горах Армении покрыта продуктами выветривания до глубины около 5 мм. Количество сапрофитов, принимающих, вероятно, участие в процессе выветривания, исчислялось сотнями тысяч на 1 г и снижалось по мере углубления слоя.
Скалы Северной Шотландии, по данным Д. М. Вебли, богаты лишайниками, грибами и бактериями, 70 - 96% которых могут растворять силикаты.
Микроорганизмы действуют на силикаты и алюмосиликаты, образуя кислые или щелочные метаболитические продукты. Некоторые бактерии и водоросли выделяют слизи, которые способны образовывать комплексные соединения с рядом элементов.
Вебли, добавляя в культуры псевдомонад нерастворимые силикаты, заметил, что кристаллическая решетка силикатов к концу опыта разрушалась. Вероятно, этот процесс происходит в результате образования кетоглюконовой кислоты.
Из органических кислот заметным действием на силикаты обладают также щавелевая и лимонная, а из щелочных продуктов - фенолы. Например, фенолы микробного происхождения способны образовывать комплекс с кремнием.
Бактерии, разрушающие горные породы, используют добываемый ими из силикатов калий для питания. Показано, что псевдомонады растут в присутствии нефелина на среде без калия и натрия, извлекая эти вещества из минерала. Нефелин при этом разрушается.
Из приведенных примеров видно, что даже такие стойкие минералы, как силикаты, могут разрушаться микроорганизмами.